Innerhalb der Struktur der Militärgerichtsbarkeit ist der Militärgerichtshof sowohl ein Berufungsgericht für Urteile des Kriegsgerichts als auch ein ordentliches Gericht für bestimmte Prozessbeteiligte, wie z. B. höhere Offiziere. Das Verfahren vor dem Militärgericht unterscheidet sich von dem eines Kriegsgerichts: Theoretisch entscheidet es allein auf der Grundlage der Akten, das persönliche Erscheinen des Angeklagten ist aber weiterhin möglich.
Unter rein formalen Gesichtspunkten (Verfahren und Gesetzeseinhaltung) können die Urteile des Militärgerichts vor dem Kassationsgerichtshof angefochten werden. Diese Möglichkeit wurde 1940 ausgesetzt, aber im Oktober 1944 wieder eingeführt.
Seine Zuständigkeit erstreckt sich auf das gesamte belgische Staatsgebiet und gegebenenfalls auf die Militärgerichte im Feld. In Friedenszeiten setzt es sich aus einem zivilen Präsidenten (einem Berater des Berufungsgerichts) und vier leitenden Offizieren zusammen.
Bei der Unruhen-Unterdrückung wird das Militärgericht, wie die Kriegsräte reformiert. Um alle anhängigen Fälle zu bearbeiten, werden Kammern in Brüssel, Lüttich, Gent und Antwerpen eingerichtet (jene Städte, in denen die Berufungsgerichte der ordentlichen Strafgerichtsbarkeit ihren Sitz haben). Im Februar 1947, auf dem Höhepunkt seiner Tätigkeit, hatte das Militärgericht 24 Kammern, aufgeteilt in 13 französischsprachige und 11 niederländischsprachige Kammern. Für gemeinschaftliche Fälle entwickelt sich die Zusammensetzung der Kammern hin zu einem zivileren Charakter und einer der Offiziere wird durch einen zweiten Berufsrichter ersetzt.
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