Während der Besatzung muss die richterliche Gewalt einen Weg finden, um mit den deutschen Behörden zusammenzuarbeiten. Durch eine Politik des geringeren Übels denkt die Magistratur, die Interessen der Bevölkerung möglichst gut schützen zu können. Doch erweist sich das Gleichgewicht mit der Besatzungsmacht in einigen Punkten als sehr schwierig, gerade wenn sich die Spannungen zwischen dem Besatzer, den Kollaborationsparteien und der Bevölkerung ständig steigern.
Für die Magistratur ist es wichtig, dass die Justiz weiterhin möglichst gut funktioniert, und dass sie ihre unabhängige Position erhalten kann. Auch für die Besatzungsmacht ist das Funktionieren der belgischen Justiz sehr wichtig, weil sie selbst nicht über genug Truppen verfügt, um die öffentliche Ordnung zu erhalten. Die deutschen Behörden beaufsichtigen die Funktion der Justiz folglich sehr genau. Die Unabhängigkeit der belgischen Justiz ist für sie von geringerer Bedeutung.
Die unterschiedliche Bedeutung, welche die belgische gerichtliche Gewalt und der deutsche Besatzer der Unabhängigkeit beimessen, führt genauso wie im Ersten Weltkrieg mehrmals zu großen Konflikten. Im Jahr 1942 kommt es zweimal zu einer echten Krise in der Beziehung zwischen der Magistratur und der Besatzungsmacht. Bei beiden Konflikten geht es um die Befugnisse der Generalsekretäre.
In einem anderen Punkt gibt die Magistratur allerdings nicht nach, um ihre Unabhängigkeit zu erhalten. Bei dieser Frage geht es um die Aufgabenverteilung zwischen der belgischen und der deutschen Justiz, d.h.: welche Polizeidienste und Gerichte verfolgen und ahnden welche Straftaten? Am Anfang der Besatzung wurde vereinbart, dass die deutsche Justiz alle gegen die Besatzungsmacht gerichteten Straftaten übernimmt und sich die belgische Justiz um den Rest kümmert.
Als die Gewalt gegen Kollaborateure durch den Widerstand zunimmt, erweist sich diese Aufgabenverteilung als zu vage. Die Besatzungsmacht fordert, dass die belgische Polizei Widerstandskämpfer ausfindig macht, die Anschläge auf Kollaborateure verüben, aber die Magistrate befürchten, so zu einem Instrument der deutschen Repression zu werden. Weil die Besatzungsmacht nicht nachgeben will, sabotieren einige Magistrate und Mitarbeiter der Polizei die Untersuchungen, sodass die Täter niemals gefunden werden. So gelingt es der gerichtlichen Gewalt, ihren Willen durchzusetzen, ohne den Konflikt auf die Spitze zu treiben.
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