Beim Militärgericht entscheidet in erster Instanz das Kriegsgericht. Das Militärstrafrecht gilt für Beschuldigte bis einschließlich dem unteren Offiziersrang (Soldaten, Unteroffiziere und so genannte subalterne Offiziere oder unter bestimmten Umständen auch einfache Zivilisten). Das Kriegsgericht besteht aus einem Zivilrichter, einem ranghohen Offizier, der den Vorsitz des Kriegsgerichts führt, und drei Offizieren. Der Gerichtsvollzieher spielt dabei die Rolle des Staatsanwalts. Es gibt ständige Kriegsgerichte, die territorial organisiert sind, und Feldgerichte, die den jeweiligen militärischen Einheiten unterstehen.
Ein Gesetzesdekret vom Mai 1944 bestätigt die Zuständigkeit der Militärjustiz für Ungehörsamkeit. Um dieser Aufgabe gerecht zu werden und die Masse der Fälle zu bewältigen, wurde zwischen 1944 und 1952 die Militärjustiz reformiert. Die Zahl der Kriegsräte wurde von 7 auf 21 erhöht und die Zahl der Kammern vergrößert. Im Jahr 1947 gab es theoretisch 134 Kammern (72 französischsprachige und 62 niederländischsprachige) innerhalb der verschiedenen Kriegsräte des Landes. Angesichts der Art des zu beurteilenden Sachverhalts und der zu verfolgenden Bevölkerung verstärkte die Regierung den zivilen Anteil. Zwei Berufsrichter sitzen im Rat und einer von ihnen führt dabei den Vorsitz. Die Anzahl der Beamten wird auf drei in jeder Kammer reduziert. Ab Dezember 1945 wurden Sperrkammern mit drei Richtern (ein Zivilrichter, ein höherer Offizier und ein jüngerer Offizier) eingerichtet. Sie befassten sich mit Fällen, in denen der Prüfer keine Verurteilung zu mehr als fünfzehn Jahren Freiheitsstrafe beantragt hatte.
Un arrêté-loi de mai 1944 confirme la compétence de la justice militaire pour la répression de l'incivisme. Entre 1944 et 1952, la justice militaire est réformée pour répondre à cette tâche et faire face à la masse d'affaires. On passe de 7 à 21 conseils de guerre où les chambres se multiplient. En 1947, il y a, en théorie, 134 chambres (72 francophones et 62 néerlandophones) au sein des différents conseils de guerre du pays. Vu la nature des faits à juger et la population poursuivie, le gouvernement y renforce l'élément civil. Deux juges professionnels siègent au sein du conseil et l'un d'entre eux le préside. Le nombre d’officiers est diminué à trois au sein de chaque chambre. A partir de décembre 1945, apparaissent des chambres restreintes composées de trois juges (un magistrat civil, un officier supérieur et un officier subalterne). Elles se chargent des affaires dans lesquelles l'auditeur n'a pas requis de peine supérieure à quinze ans de prison.
Jean Dofny, Substitut de l’auditeur militaire : « pour un jeune avocat, cette atmosphère-là était assez impressionnante » (Jours de guerre, 29/11/1994, RTBF)
Aerts, Koen, Dirk Luyten, Bart Willems, and Paul Drossens. Papy Était-Il Un Nazi? Sur Les Traces d’un Passé de Guerre. Racine. Bruxelles, 2017.
Aerts, Koen. “Repressie Zonder Maat of Einde?” De Juridische Reïntegratie van Collaborateurs in de Belgische Staat Na de Tweede Wereldoorlog. Gent: Academia Press, 2014.
Depoortere, Rolande. La Juridiction Militaire En Belgique 1796-1998 : Compétences et Organisation : Production et Conservation Des Archives. Vol. 115. Miscellanea Archivistica Studia. Bruxelles: Archives générales du Royaume, 1999.
Horvat, Stanislas. “Le Déroulement Des Procès d’inciviques Devant Les Juridictions Militaires En 1944-1949.” Bulletin Du CEGES, no. 38 (2003): 3–23.
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