La plupart des prévenus qui comparaissent devant un conseil de guerre allemand, dans les territoires occupés de la Belgique et du Nord de la France, sont poursuivis sur la base d'éléments recueillis à leur charge par la police allemande. Pour d'autres, les poursuites résultent d'une instruction judiciaire, d'une plainte ou d'une dénonciation auprès d'un commandant militaire.
Lorsqu'un militaire allemand constate qu'un civil ou un collègue a commis un acte punissable, il doit en informer aussitôt son supérieur. Ce dernier effectue une première enquête et transmet ses constatations au commandant militaire. Dès que celui-ci a pris connaissance du dossier, il charge, en sa qualité de Gerichtsherr, un Untersuchungsführer de la suite de l'instruction. Ce magistrat peut procéder à des perquisitions au domicile, confisquer des preuves et entendre des témoins. Il peut également arrêter des suspects sans avoir besoin, pour les priver de liberté, d'un mandat d'arrêt et sans limite légale dans le temps. Enfin, il peut ordonner une autopsie ou soumettre les prévenus à un examen médical.
En tant que Gerichtsherr, le commandant militaire décide, en fonction des résultats de l'instruction, de la suite qui sera donnée au dossier. Si les indices de culpabilité sont insuffisants, il peut mettre le suspect hors de cause ou classer l'affaire. C'est notamment le cas quand les auteurs sont en fuite ou que leur identité n'est pas connue. De temps à autre, le commandant militaire prend la durée de la détention préventive en compte pour renoncer aux poursuites judiciaires. Si l'instruction a mis en lumière des faits que l'occupant n'entend pas poursuivre lui-même, il peut également transférer le dossier à la justice belge ou à la justice française.
Roden, Dimitri. “"In Naam van Het Duitse Volk!” Het Duitse Krijgsgerecht En de Openbare Orde in Bezet België (1940-1944).” Ph.D. Thesis, Universiteit Gent, 2015.
Roden, Dimitri. “Van Aanhouding Tot Strafuitvoering. De Werking van Het Duitse Gerechtelijke Apparaat in Bezet België En Noord‑Frankrijk (1940-1944).” Cahiers d’Histoire Du Temps Présent/Bijdragen Tot de Eigentijdse Geschiedenis 22 (2010): 113–60.
