La procédure judiciaire devant les conseils de guerre allemands telle qu'elle est appliquée en Belgique après mai 1940 repose sur les dispositions de la Kriegsstrafverfahrensverordnung (KstVO). Cette ordonnance pénale de guerre a été publiée en septembre 1939 dans le Journal officiel allemand et vise à simplifier la procédure judiciaire existante en temps de guerre. L'objectif de la KstVO est de permettre aux conseils de guerre de juger plus rapidement, de sorte que les intérêts de l'autorité militaire puissent être mieux préservés. Tous les éléments qui empêchent une condamnation rapide sont abordés. C'est ainsi que la présence d'un avocat au cours du procès n'est obligatoire que si l'accusé risque la peine capitale. En outre, la KstVO prive le condamné du droit d’interjeter appel contre le jugement d'un tribunal militaire. Un élément typique de la procédure judiciaire est la position centrale du commandant militaire: en tant que Gerichtsherr (maître de la Justice), c’est lui qui requiert des devoirs d'enquête, qui compose le conseil de guerre et qui vérifie, au terme du procès, la validité juridique du jugement prononcé.
Outre la procédure traditionnelle, l'occupant dispose également, par le biais d’une ordonnance pénale (Strafverfügung), de la possibilité de juger les affaires moins prioritaires. Cette procédure judiciaire accélérée permet au Gerichtsherr de condamner un prévenu à des sanctions financières ou à un emprisonnement jusqu'à six mois, sans que le prévenu ait à comparaître devant un conseil de guerre. Après sa condamnation, le prévenu a trois jours pour interjeter appel contre le jugement, oralement ou par écrit. S'il ne le fait pas ou trop tardivement, l'occupant considère la Strafverfügung comme définitive, ce qui conduit à l'exécution immédiate de la peine prononcée. Si le condamné fait appel (Einspruch) dans les termes légalement prévus, le document sert dès lors d'acte de mise en accusation. Le commandant militaire peut ensuite ordonner d'autres devoirs d'enquête ou renvoyer sans tarder l'affaire à un conseil de guerre qu'il réunit. Cette procédure judiciaire accélérée doit désengorger les conseils de guerre en confiant les procédures pénales moins prioritaires au commandant militaire. Depuis son bureau, il peut imposer des sanctions financières ou un emprisonnement de trois mois maximum, sans devoir attendre le jugement d'un tribunal.
Roden, Dimitri. “"In Naam van Het Duitse Volk!” Het Duitse Krijgsgerecht En de Openbare Orde in Bezet België (1940-1944).” Ph.D. Thesis, Universiteit Gent, 2015.
Roden, Dimitri. “Van Aanhouding Tot Strafuitvoering. De Werking van Het Duitse Gerechtelijke Apparaat in Bezet België En Noord‑Frankrijk (1940-1944).” Cahiers d’Histoire Du Temps Présent/Bijdragen Tot de Eigentijdse Geschiedenis 22 (2010): 113–60.
