En territoire occupé, les procès se déroulent selon les règles de procédure pénale de l'armée allemande datant de 1938. Le jour de l'audience, une escorte armée va chercher les prévenus en prison. Ceux qui sont encore en liberté se voient expédier à domicile une convocation sur laquelle l'occupant indique clairement le jour et l'heure de l'audience. Ceux qui ne s'y présentent pas y sont menés manu militari.
La plupart des conseils de guerre siègent dans les bâtiments locaux de la justice belge, d'autres préfèrent utiliser de vastes maisons bourgeoises ou, pour la circonstance, siègent 'en campagne'. En principe, les audiences proprement dites sont publiques, mais elles peuvent se tenir également à huis clos pour des motifs de sécurité.
Au début de l'audience, le président lit le nom des juges, fait prêter serment aux témoins, constate l'identité des prévenus. Dans la foulée, le procureur donne lecture de l'acte d'accusation, suivie de l'audition des prévenus et des témoins.
Elsie Maréchal, Résistante active dans le réseau Comète : « Ça a été très rapidement expédié, on était accusé de tous les crimes de la terre »(Jours de guerre, 19/05/1992, RTBF)
Après lecture de toutes les preuves écrites, le procureur prononce son réquisitoire et la défense prend la parole. Ensuite, les prévenus ont le dernier mot, après quoi le président se retire pour délibération avec les assesseurs. Le jugement définitif est pris par majorité des voix et rédigé sous la forme d'un Feldurteil motivé. Ensuite, les juges regagnent la salle, et on donne la lecture du jugement. Dans les affaires pénales où sont impliqués plusieurs suspects, l'audience peut souvent durer quelques jours mais ici aussi, le jugement est prononcé au dernier jour des débats.
Roden, Dimitri. “"In Naam van Het Duitse Volk!” Het Duitse Krijgsgerecht En de Openbare Orde in Bezet België (1940-1944).” Ph.D. Thesis, Universiteit Gent, 2015.
Roden, Dimitri. “Van Aanhouding Tot Strafuitvoering. De Werking van Het Duitse Gerechtelijke Apparaat in Bezet België En Noord‑Frankrijk (1940-1944).” Cahiers d’Histoire Du Temps Présent/Bijdragen Tot de Eigentijdse Geschiedenis 22 (2010): 113–60.
