Les dossiers de l'épuration interne, ou administrative, des « gendarmes de guerre » documentent l'activité de trois commissions instaurées à partir de l'automne 1944 à Bruxelles, Liège et Gand pour le personnel sous-officier. Pour les officiers du corps, une commission, commune à l'armée, siège à Bruxelles. Les commissions pour les gendarmes du rang traitent les affaires selon une logique territoriale, sur la base de l’affectation géographique des gendarmes au sein des unités.
Au départ, ces commissions sont des organes d’instruction, c’est-à-dire d'enquêtes et d’avis quant au comportement des gendarmes pendant l'Occupation allemande. La décision de sanctionner ou non un gendarme revient en définitive au ministre de la Défense nationale. À partir de mars 1945, à la suite des difficultés rencontrées dans l'épuration, ces commissions s'appuient sur le travail du Service des Enquêtes/Onderzoeksdienst (SE/OD) en charge de la seule instruction des affaires. Les commissions elles-mêmes n'ont plus qu'un rôle consultatif, avant de soumettre finalement le cas au ministre. Ce nouveau service des enquêtes, directement rattaché au ministère de la Défense, instruit l’ensemble des affaires impliquant des militaires.
Ces dossiers d'épuration interne ont été intégrés aux dossiers de carrière des gendarmes concernés. Il n'existe donc pas de fonds d'archives distinct et continu pour les gendarmes soumis à une procédure d’épuration. Jusqu'à fin 2020, les dossiers de carrière sont conservés dans 4 structures différentes, en fonction du statut du militaire (officier, sous-officier ou personnel subalterne) et de son année de naissance :
En outre, un service relevant de la direction du service du personnel de la police fédérale conserve les fiches matricules du personnel subalterne de la gendarmerie. Certains dossiers de carrière ont malheureusement été égarés.
L’accès aux dossiers des officiers est libre lorsqu’ils sont nées il y a plus de 120 ans. Pour les dossiers plus récents, une autorisation de consultation doit être obtenue auprès du SGRS-archives. Aux AGR, une autorisation est nécessaire pour consulter les dossiers de sous-officiers et membres du personnel subalterne nés il y a moins de 100 ans. En ce qui concerne les dossiers encore à la police fédérale, une demande motivée doit être adressée au service qui les conserve.
