In oorlogstijd is het militair gerecht bevoegd voor de vervolging van de collaboratie. Concreet spreken in eerste aanleg de krijgsraden een vonnis uit. Concreet spreken in eerste aanleg de krijgsraden een vonnis uit. Het krijgshof velt een arrest in tweede aanleg (bij beroep) of als een hoger officier terechtstaat. Vanaf oktober 1944 is voorziening in cassatie tegen het arrest van het krijgshof eveneens mogelijk. Het Hof van Cassatie is geen derde aanleg, maar oordeelt of het recht juist is toegepast. Als er sprake is van een schending van de wet of van fundamentele vormvereisten, verbreekt het Hof van Cassatie het betwiste arrest en verwijst de zaak naar een andere kamer van het krijgshof.
Naast de militaire rechtbanken is er ook het militair parket. Het omvat de krijgsauditoraten bij de verschillende krijgsraden en het auditoraatgeneraal bij het krijgshof. De krijgsauditoraten verrichten alle opsporingen, onderzoeken en vervolgingen in het gebied waarvoor de krijgsraad bevoegd is. Door een combinatie van verschillende functies en een grote autonomie heeft de krijgsauditeur een belangrijke rol.
Omdat het militair gerecht betrokken is bij nagenoeg alle aspecten van de naoorlogse repressie, is het ook een van de belangrijkste archiefvormers. Van de niet-veroordeelde verdachte tot de meest ernstige zaken van collaboratie, zo goed als iedereen die na de bezetting in opspraak komt, laat in de bronnen van het militair gerecht onvermijdelijk sporen na. Elke kleinste klacht, aangifte, potentieel bewijsstuk of anonieme tip leidt na de bevrijding tot de opening van een gerechtelijk dossier bij het militair gerecht. Afhankelijk van wat er verder mee gebeurt, zijn er strikt gezien drie soorten: de dossiers zonder gevolg, de dossiers met een beschikking tot buitenvervolgingstelling en de dossiers die tot een veroordeling of vrijspraak leiden.
Meestal ontbreekt het aan voldoende bezwarende elementen of aanwijzingen van collaboratie en is er sprake van een klassering ‘zonder gevolg’ of seponering, bijvoorbeeld bij de dossiers van de vrijwillige arbeiders of bij de vele klachten tegen onbekenden waar elk aanknopingspunt of spoor bijster blijft. Als de krijgsauditeur toch een gerechtelijk onderzoek voert, maar uiteindelijk oordeelt dat de tenlasteleggingen niet voldoende zijn voor een vervolging, kan hij ook besluiten met een beschikking van buitenvervolgingstelling. Net als bij de dossiers zonder gevolg komt het dan niet tot een proces voor de militaire rechtbank. Die dossiers bevatten bijgevolg enkel de stukken van het onderzoek en zijn dus relatief dun. Ze verschaffen niettemin extra informatie over de ten laste gelegde feiten en de resultaten van het onderzoek.
Als er wel voldoende redenen tot vervolging zijn, daagt de krijgsauditeur de verdachte als beklaagde of beschuldigde voor de krijgsraad. Is de verdachte op het proces aanwezig, dan verloopt de procedure op tegenspraak. Wanneer de verdachte niet verschijnt, wordt het vonnis bij verstek geveld. In beide gevallen komt het dossier terecht op de griffie van de krijgsraad en wordt het geïntegreerd in een nieuw dossier. De kaft geeft al veel informatie prijs: de naam van de advocaat, de eventuele plaats van opsluiting op het moment van het proces, de duur van internering, de datum van het aanhoudingsbevel, de ten laste gelegde feiten, de lijst van opgeroepen getuigen, de datum van het vonnis en – indien van toepassing – de datum waarop beroep is aangetekend.
Omdat een krijgsraad in normale omstandigheden bevoegd is voor een welbepaald gebied, is de woonplaats van de beklaagde vaak indicatief voor de vindplaats van het juiste archief. Tijdens de repressieperiode is de territoriale bevoegdheid niettemin onbeperkt en kan een krijgsraad iemand veroordelen die buiten het ambtsgebied woont. Het valt zelfs voor dat verschillende krijgsraden dezelfde persoon veroordelen, omdat de misdrijven op verschillende plaatsen niet zijn samengevoegd tot één zaak. Kortom, het is niet altijd eenvoudig de juiste stukken te lokaliseren. De Archiefgids van het militair gerecht, online raadpleegbaar op de website van het Algemeen Rijksarchief, biedt doorgaans soelaas omdat het de vindplaatsen van de voornaamste reeksen van het militair gerecht opsomt.
Zowel de dossiers zonder gevolg/buitenvervolgingstelling in de archiefbestanden van de krijgsauditoraten als de dossiers van de gevonniste zaken in de archieven van de krijgsraden en het krijgshof berusten voor het merendeel in het depot Algemeen Rijksarchief 2 in Brussel. De uitzonderingen hierop zijn de dossiers van de krijgsauditoraten van Doornik, Nijvel en Leuven, respectievelijk te vinden in de rijksarchieven van Doornik, Louvain-la-Neuve en Leuven, en de dossiers van de krijgsauditoraten van Charleroi en Mons, die beide in het Rijksarchief van Mons liggen. De reeks met minuten van vonnissen en arresten berust integraal in het depot Algemeen Rijksarchief 2 in Brussel, net zoals de meeste registers met de lijsten van de krijgsauditeur en de strafuitvoeringsregisters. Uitzonderingen zijn de registers van Antwerpen, Mechelen en Turnhout in het Rijksarchief Antwerpen-Beveren en de registers van Hasselt en Tongeren in het Rijksarchief Hasselt.
De archieven van het militair gerecht zijn niet voor iedereen toegankelijk: de schriftelijke toestemming van het College van Procureursgeneraal is steeds vereist. Verzoeken uit algemene interesse voor het verleden van een voorouder of een verwant krijgen in principe geen gevolg, tenzij ze uitgaan van de weduwe, de kinderen of andere rechthebbenden van de veroordeelde en indien er strafrechtelijk geen derden bij het dossier betrokken zijn.
Het schriftelijke verzoek tot raadpleging wordt per post gericht aan het Secretariaat van het College van Procureurs-generaal, dienst Archieven, Ernest Allardstraat 42, 1000 Brussel. Het verzoek dient de volgende informatie te bevatten: naam, voornaam en geboortedatum van de persoon van wie men het dossier wil raadplegen en een omstandige motivering van de wens tot raadpleging. Zonder deze elementen zullen aanvragen niet in aanmerking komen voor een verdere behandeling.
Wie geen inzage verkrijgt, kan via de verschillende alternatieve bronnen grotendeels toch de belangrijkste informatie reconstrueren. Bovendien bieden de andere archieven tal van gegevens die in deze gerechtelijke dossiers ontbreken. Zowel bij een weigering als bij een toestemming van het College van Procureurs-generaal is het dus aan te raden om de zoektocht zeker niet te staken.
