À partir de septembre 1940, la Sipo-SD installe un Auffanglager dans le fort de Breendonk où environ 3 600 personnes ont été emprisonnées pendant l'occupation. Le 4 septembre 1944, lorsque les Britanniques arrivent sur place, le fort a déjà été évacué. Le camp est vide. Le 30 août 1944, un dernier convoi de prisonniers encore présents a été envoyé en Allemagne. Les gardes sont également partis. Les Britanniques y emprisonnent d'abord des prisonniers de guerre allemands, mais bientôt des résistants (ou présumés tels) y enferment des personnes soupçonnées de collaboration. Des exactions sont également commises pendant cette période. Cet épisode est désigné dans les milieux de la collaboration comme " Breendonk II ".
Dans un petit extrait de film que Maurice De Wilde a diffusé dans sa série télévisée De Repressie, on voit des détenus de Breendonk exposés aux huées et à la haine du public présent. On y voit Jeanne Hoekmans, plus connue sous le nom de "tante Jeanne". Elle incarne les excès commis lors cette phase dite de "Breendonk II". Ce sont surtout les femmes qui sont visées : les cheveux sont coupés, une croix gammée est peinte sur leur poitrine et sur leur front, on les force à s'allonger dans un cercueil, etc. Les brimades, les humiliations, les coups, les tortures et les viols de suspectes s’inscrit dans un contexte de vide du pouvoir créé par le départ soudain des troupes allemandes. Juste après la Libération, les autorités ne sont pas encore en mesure de faire régner l'ordre. Ce sera le cas un mois plus tard, et en octobre 1944, le camp est vidé. En novembre 1944, Hoekmans est arrêtée et condamnée par la justice belge à trois ans et demi de détention pour extorsion pendant et après l'occupation.
A partir de septembre 1944, des dizaines de milliers de personnes soupçonnées de collaborer avec l'occupant allemand sont enfermées dans des prisons et des centres d'internement. L’internement se fait sur base de l’arrêté-loi du 12 octobre 1918. En principe, seuls le procureur général, les auditeurs militaires, l'administrateur de la sûreté de l'État et les bourgmestres sont compétents pour enfermer des suspects sur base de cette mesure administrative. En pratique, des suspects sont souvent internés sans ordre officiel, sur initiative de la résistance (ou supposée telle), de la police et/ou de la gendarmerie. Des suspects sont aussi détenus à tort. L'enfermement de suspects sur base de cette mesure d'internement prend fin suite à la circulaire du 8 avril 1946 du ministre de la Justice.
Ce n’est qu’à partir de fin décembre 1944 jusque fin 1946 que la direction du centre d'internement de Breendonk est confiée au ministère de la Justice. Les personnes qui encourent une peine criminelle, de cinq ans d'emprisonnement à la peine de mort, pour faits de dénonciation se retrouvent en principe à Breendonk à partir du 28 décembre 1945. En vertu d'une circulaire du directeur général de l'administration des institutions pénitentiaires, datée du 27 novembre 1946, le centre d'internement est fermé à partir du 31 décembre de cette même année. Les détenus néerlandophones condamnés à perpétuité et destinés à Breendonk, selon les règles de classification du 28 décembre 1945, sont transférés à la prison de Turnhout à partir de 1947. Les autres sont envoyés au centre d'internement de Hemiksem. Les détenus francophones sont orientés, selon les mêmes critères, soit vers la prison de Nivelles, soit vers le centre d'internement de Nimy. Le 19 août 1947, le Fort de Breendonk est déclaré Mémorial national. Lorsqu’il servait de centre d'internement, Breendonk fonctionnait aussi déjà comme un lieu de mémoire. On retrouve de nombreuses demandes de groupes (de résistance) pour visiter dans les archives du centre d'internement de Breendonk.
Le nombre de détenus au centre d'internement de Breendonk fluctue aussi des suites des circonstances de guerre et de leur impact sur la population. En décembre 1944, lors de la Bataille des Ardennes, 661 personnes sont transférées de Liège à Breendonk. A la fin de la guerre, début mai 1945, 333 personnes y sont enfermées. Suite au retour des collaborateurs après la capitulation allemande, ce nombre grimpe à 625 le 30 juin 1945. Juste avant que le centre d'internement ne ferme ses portes en décembre 1947, 37 personnes y sont encore détenues.
Aerts, Koen, Dirk Luyten, Bart Willems, (e.a. eds), Papy était-il un nazi? Sur les traces d’un passé de guerre, Bruxelles, Racine, 2017.
Grevers Helen, Van landverraders tot goede vaderlanders. De opsluiting van collaborateurs in Nederland en België 1944-1950, Amsterdam, 2013.
Nefors Patrick, Breendonk 1940-1945, Bruxelles, Racine, 2005.
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