Après la Libération, des milliers de personnes soupçonnées de collaboration se retrouvent derrière les barreaux. Les prisons ne pouvant faire face à cet afflux, le ministre de la Justice contraint les bourgmestres à assurer l'hébergement, la surveillance et le ravitaillement des détenus. Les casernes et les camps, qui ont été utilisés comme lieux de détention par l'occupant allemand pendant la guerre, sont réquisitionnés, mais aussi les écoles, monastères, abbayes et usines. Vu les conditions d'hébergement déplorables, l'indiscipline des gardiens, l'insuffisance du ravitaillement et le manque de soins médicaux, le ministère de la Justice reprend bientôt la gestion de ces centres communaux. Les installations qui ne répondent pas aux besoins sont fermées. Des 170 centres communaux, il en reste à peine 50 en janvier 1945.
Toute personne internée ou arrêtée pour présomption de collaboration possède un dossier d’écrou. Celui-ci contient des informations relatives à la détention et la mise en liberté. La couverture du dossier indique les différents centres d'internement et prisons de séjour ainsi que les dates respectives de transfert, ce qui permet de reconstituer l'ensemble du parcours et la durée réelle de la détention. La composition et le volume du dossier d’écrou varient d’un individu à l’autre. En général, les dossiers d’écrou sont très fins et comportent peu de pièces. Exceptionnellement, ils contiennent des documents personnels : photographies, lettres, dessins.
Pour les collaborateurs condamnés dont la peine totale est supérieure à trois mois, il existe en plus du dossier d’écrou, un dossier moral. Ce dossier sert de base à l'évaluation des mesures de grâce et des propositions de mise en liberté conditionnelle. Il contient un large éventail d'informations sur le détenu, ne se limitant pas à sa détention. Si le directeur de l’établissement estime qu’un encadrement et un traitement pénitentiaire adaptés sont nécessaires, il existe aussi pour certains condamnés un dossier anthropologique qui donne un aperçu de la vie et de la personnalité du détenu avant et pendant sa détention.
De l'incarcération à la libération, les personnes suspectées ou condamnées pour collaboration passent souvent par plusieurs centres d'internement ou prisons. Le dossier d'écrou suit le même chemin et se trouve donc toujours dans les archives de la dernière prison ou du dernier centre d'internement. Ces archives sont conservées dans les archives de l'État de la juridiction de l'établissement carcéral.
Le manque d'informations sur le dernier lieu de détention ne signifie pas automatiquement la fin de la recherche. Au moment de l'arrestation, la première incarcération a généralement lieu dans l'établissement le plus proche. Avec le nom ou le lieu de cet établissement ou d'un autre établissement connu, le personnel de la salle de lecture des Archives de l'État peut rechercher, à l'aide des registres d’écrou ou des fiches, quel peut-être l’établissement suivant. La recherche peut donc mener à différents dépôts des Archives de l'Etat.
En outre, le lieu de résidence, le sexe de la personne et la nature des faits commis peuvent aider à systématiser la recherche :
Les dossiers moraux ne figurent pas dans les mêmes archives que les dossiers d’écrou, mais sont rassemblés au Laboratoire central d'anthropologie. Ils sont aujourd'hui conservés aux Archives générales du Royaume 2 - Dépôt Joseph Cuvelier à Bruxelles. Les dossiers anthropologiques contenant des informations sur les collaborateurs condamnés sont dispersés dans les archives des différents laboratoires anthropologiques responsables des examens. Les dossiers des laboratoires d'anthropologie des prisons de :
Les dossiers d’écrou sont toujours classés par date de mise en liberté. Une consultation rapide est également possible sans date. Il existe des répertoires alphabétiques, fiches, rôles des différentes sections et journaux des détenus entrants et sortants. Ces instruments de recherche sont utiles pour retrouver rapidement le dossier, et permettent aussi de vérifier si et quand une certaine personne est détenue dans l'établissement.
Les dossiers moraux de la période 1924-1952 sont accessibles par un système de fiches. Les plus récents de ces dossiers sont aussi accessibles sous forme numérique. Les dossiers anthropologiques sont classés chronologiquement par date de recherche ou alphabétiquement.
Tous ces dossiers des prisons et des centres d'internement peuvent être consultés après avoir rempli une déclaration de recherche et obtenu l'autorisation du responsable du dépôt d'archives. En raison de la protection de la vie privée, le visiteur n'est pas autorisé à consulter lui-même les différents instruments de recherche. La recherche dans les fiches, les rôles ou les journaux des détenus entrant et sortants est effectuée par le personnel de la salle de lecture.
