Dans le système de justice militaire, en charge de poursuivre la collaboration lors de l'après Deuxième Guerre, l'auditeur militaire fait à la fois office de juge d'instruction (menant et orientant l'enquête) et de procureur (en charge de l'accusation devant les conseils de guerre). L'auditeur est, avec ses substituts, un acteur incontournable pour comprendre l'exercice de la répression des atteintes à la ‘sureté extérieure de l'Etat’.
Après la Libération, le nombre d'auditorats explose en Belgique: de quatre permanents en temps de paix (organisation de 1927), on en compte 21 en février 1946. Ils doivent faire face à l'afflux de dossiers d'incivisme, mais également répondre aux autres compétences de la justice militaire (notamment la protection des armées alliées ou la révision des crimes de guerres). Leur nombre diminue ensuite progressivement au gré des jugements prononcés.
Les auditorats font face à une situation difficile : leur fonctionnement est entravé par des difficultés matérielles (bureaux, consommables, moyens de communications et déplacements) et humaines. De nombreux auditeurs – parfois peu expérimentés – sont recrutés à la Libération et doivent s’adapter à cette mission inédite.
Jean Dofny et François Debroux, Substituts de l’auditeur militaire : « quand je suis arrivé là-bas, devant 200-300 dossiers, j'étais absolument désemparé » ( Jours de guerre, 29/11/1994, RTBF)
Les auditorats militaires sont placés sous l'autorité de l'auditorat général de Bruxelles. L'auditeur général exerce ses compétences auprès de la Cour militaire à Bruxelles. Sa mission principale consiste à faciliter la tâche des auditeurs mais aussi à coordonner la répression au niveau national, afin d'éviter de trop grandes disparités locales dans les politiques de poursuites ou dans les peines prononcées. Dans ce but, il mène un important travail de documentation et de partage de l’information à l’ensemble des auditeurs.
Cette compétence fait donc de l'auditeur général, Walter Ganshof Van der Meersch, en collaboration avec les ministres de la Justice successifs, la personne qui définit et oriente la politique pénale en matière de collaboration. Son rôle en Belgique occupée est encore amplifié par la double casquette de Ganshof qui, de 1943 à fin 1945, est également Haut-Commissaire à la Sécurité de l'Etat.
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