In 1940 zijn er in België twee centrale gevangenissen voor misdadigers met langdurige gevangenisstraffen, in Leuven en Oudenaarde (in plaats van Gent); in Merksplas is er ook een centrale strafinstelling voor jongeren. Van de 27 hulpgevangenissen voor verdachten en veroordeelden, één in elk arrondissement (twee in Brussel), blijven er 24 werken tijdens de bezetting (Veurne, Marche en Oudenaarde werden afgeschaft, Hoei werd heropend).
De hervorming van 1920 vervangt de antropologische klassering van de gevangenen door een klassering volgens strafmaat om ze over de verschillende instellingen te verdelen (zie kadertje).
Door de wet over de sociale bescherming van 9 april 1930 komen er nieuwe instellingen voor geïnterneerden die niet veroordeeld kunnen worden omdat ze “abnormaal” zijn.
Om die "abnormaliteit" te bepalen voorziet de wet psychiatrische afdelingen in de gevangenissen van Vorst, Leuven, Antwerpen, Charleroi, Bergen, Luik en Namen. In 1939 hebben die psychiatrische afdelingen 1.745 mannen en 158 vrouwen behandeld; in 1943 1.939 mannen en 198 vrouwen.
In Doornik en Rekkem (voor de mannen) en in Bergen en Sint-Andries (voor de vrouwen, tot in 1942) zijn er ‘Inrichtingen tot bescherming van de maatschappij’. In 1943 verblijven er een maximum van 509 mannen en 87 vrouwen.
De wet formaliseert ook de terbeschikkingstelling van de regering van recidivisten en gewoontemisdadigers. In 1939 worden zo 142 mannen en 5 vrouwen ter beschikking gesteld, in 1943 122 mannen en 3 vrouwen; voor de mannen is dat in Merksplas, Turnhout en Bergen en voor de vrouwen in Sint-Andries (Brugge).
De gevangenisbevolking stijgt van een jaarlijks gemiddelde van 3.947 in 1939 naar 5.655 in 1943. In 1939 is er een maximum van 4.161 gevangenen van Belgisch gemeen recht, in 1943 7.105 … Daar moeten we nog de mensen bijtellen die op bevel van de bezetter opgesloten werden in door hem opgeëiste afdelingen van de Belgische gevangenissen. Vanaf september 1944 zitten de gevangenissen overvol en worden er talrijke interneringscentra opgericht voor de ongeveer 70.000 van collaboratie verdachte personen.
Bruyneel, Elisabeth. Dagboek achter tralies: de evolutie van het Belgische gevangenisregime tussen 1944 en 1950. Merksplas: Gevangenismuseum, 2006.
Grevers, Helen. Van landverraders tot goede vaderlanders : de opsluiting van collaborateurs in Nederland en België 1944-1950. Amsterdam: Balans, 2013.