La privation de liberté n'est pas la seule sanction que peuvent encourir les suspects et les condamnés. Dans certains cas, le gouvernement impose également des sanctions patrimoniales, allant d'amendes à des confiscations et des impôts spéciaux en passant par des dommages-intérêts alloués à l'État belge. Pour éviter que le suspect, l'accusé ou le condamné ne se soustraie au paiement des sommes dues, ses biens peuvent être mis sous séquestre. L’Office des séquestres applique ce système de gestion contraignante jusqu'à ce que toutes les obligations financières soient remplies. Le séquestre n'est donc pas une sanction en soi mais une mesure préventive pour assurer le règlement des dettes.
L’auditeur militaire prend l'initiative d'ouvrir un dossier. Vu qu'il s'avère vite impossible, dans la pratique, d'organiser le séquestre pour chaque suspect, les dossiers ne sont ouverts que lorsque l'État belge se constitue partie civile. Comme l’Office des séquestres est en sous-effectif, il fait appel à des mandataires spécialisés tels que comptables et notaires afin d’administrer les biens d'une certaine personne. Le dossier de séquestre contient des documents relatifs à leur désignation, mais aussi la correspondance entre ces mandataires et l’Office du séquestre.
Outre un avis de condamnation, le sous-dossier "Condamnation" donne également une vue d'ensemble des jugements et arrêts prononcés, au moyen d'extraits. Les dossiers toujours en cours en 1954 contiennent une feuille de renseignements avec la liste du patrimoine séquestré. Après presque dix ans de gestion contraignante, celle-ci dresse un état précis et systématique de la procédure personnelle et de la comptabilité financière.
Parallèlement à la conservation et la gestion des biens séquestrés, l’Office des séquestres liquide les créances. Les sous-dossiers "Administration et liquidation" et "Avis de crédit et avis de débit" contiennent des documents relatifs aux frais de gestion des biens séquestrés, ainsi que les dettes déjà payées et les ordres de paiement. Le séquestre prend fin en cas de non-lieu ou d'acquittement de l'accusé, lorsque les obligations financières envers l'État sont remplies ou lorsqu'il existe des garanties de paiement suffisantes. L’Office délivre alors à l'intéressé un certificat de mainlevée que le Moniteur belge publie officiellement.
Le nombre exact est inconnu, mais les Archives générales du Royaume 2 (AGR 2) - dépôt Joseph Cuvelier conservent des milliers de dossiers de séquestre, venant tant du service central que des agences provinciales qui envoient ces dossiers à Bruxelles après leur clôture.
Les dossiers de séquestre sont classés par numéro de dossier, mais la recherche ciblée d'une personne précise est malaisée. C'est à cause de cette complexité que seul le personnel des Archives de l'État est habilité à effectuer la recherche en commençant par les principales données personnelles : nom, prénom et date de naissance. Le demandeur ne peut consulter les dossiers de séquestre qu'après avoir signé une déclaration de recherche qui le contraint à respecter la législation relative à la protection de la vie privée.
