Fonctionnaires belges, du grade le plus élevé, qui remplacent leur ministre sous l'Occupation et qui constituent, sous la forme d'une sorte de gouvernement de fonctionnaires, un élément essentiel de la politique du moindre mal.
Avant l'Occupation allemande, un secrétaire général est responsable de l'organisation interne d'un département ministériel. Il y est le fonctionnaire du grade le plus élevé. En application de la loi concernant les devoirs des fonctionnaires en temps de guerre du 5 mars 1936 et de l'arrêté-loi du 10 mai 1940, ces fonctionnaires doivent reprendre du jour au lendemain la tâche de leurs ministres en fuite. Le protocole du 12 juin 1940 leur donne de larges pouvoirs. Ensemble, les fonctionnaires forment un 'comité des secrétaires généraux' – organe qui, en réalité, n'existe pas dans le droit administratif belge. Après l'été 1940, ils finissent par former un véritable gouvernement de fonctionnaires qui administre le pays sous tutelle allemande, mais sans aucune couverture politique. Ils prennent parfois des décisions d'une portée considérable, notamment en ce qui concerne l'organisation d'une économie étatisée, la réforme du marché des denrées alimentaires et de l'emploi, des administrations locales et de la politique des prix.
Ils sont confrontés, dans leurs tâches, à des problèmes de plus en plus aigus. En premier lieu, d'importants secrétaires généraux sont remplacés sous pression allemande (voir par exemple la nomination de Gérard Romsée, un membre du Vlaams Nationaal Verbond (VNV), au poste de secrétaire général du ministère de l'Intérieur en mars 1941). Par ailleurs, ils se retrouvent rapidement prisonniers d'une spirale de concessions à l'occupant allemand. Ils perdent de ce fait à la fois leur emprise sur leurs propres services administratifs et leur légitimité auprès de la population. La légalité de leurs décisions, enfin, est de plus en plus mise en cause à partir de 1942 (notamment lors des crises judiciaires). Néanmoins, les secrétaires généraux continuent d'administrer le pays. Il est primordial de garder l'administration belge aux mains de Belges. Ils se résignent à faire des concessions parce que le pouvoir réel appartient à l'occupant.
Mais ils protestent en même temps, de plus en plus souvent, contre les mesures qu'imposent les Allemands. Ils parviennent à en empêcher ou à en freiner certaines (ils ralentissent par exemple l'instauration du travail obligatoire en Allemagne). Ils en arrivent même à appuyer des mesures clandestines – voire des formes de résistance ou de sabotage administratifs. À partir de 1942, les secrétaires généraux défendent explicitement des positions proches du nationalisme belge, heurtant souvent de front la politique allemande. À cet égard, l'évolution de Victor Leemans, membre du VNV, est révélatrice. Romsée, lui aussi membre du VNV, se range du côté de la collaboration et finit pas être marginalisé au sein du comité.
Après la Libération, une enquête – administrative et judiciaire – est ouverte concernant l'action des secrétaires généraux. Certains se voient infliger une sanction administrative. Deux secrétaires généraux seulement sont condamnés pour collaboration politique : Gaston Schuind à la Justice et Gérard Romsée à l'Intérieur. Victor Leemans (pourtant membre du VNV) et Emiel De Winter ne sont pas condamnés et s'engagent par la suite dans une brillante carrière politique auprès du Christelijke Volkspartij (CVP). De façon générale, la commission d'enquête administrative et la justice militaire estiment que les secrétaires généraux, malgré certaines erreurs, ont toujours agi dans l'intention de servir le pays et la population.
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